智能钥匙柜通过以下方式判断核电站钥匙借用是否合法：

1. 唯一性绑定与防复制技术：单把钥匙永久绑定固定钥匙扣，采用钥匙防复制技术，任何第三方或智能卡读卡器都无法读取RFID钥匙，保证了钥匙的唯一性，防止了钥匙被复制的风险。

2. 多重认证方式：智能钥匙柜支持密码、刷卡、人脸识别等多种开柜方式，且支持多人同时授权取用特定钥匙。这种多重认证方式确保了只有经过授权的人员才能访问钥匙。

3. 权限管理：智能钥匙柜可以针对不同人员设置不同的使用权限，限制钥匙的使用范围和时间段，从而判断钥匙借用是否合法，并降低安全风险。

4. 自动记录与监控：智能钥匙柜能够自动记录每次钥匙的借用、归还时间以及操作人员的身份信息。管理人员可以进行实时监控和历史查询，从而判断钥匙的借用情况是否正常。

5. 异常报警：一旦发现钥匙被非法取用或钥匙柜被非法开启，智能钥匙柜会立即发出警报，提醒管理人员及时采取相应措施。

综上所述，智能钥匙柜通过多种技术手段和严格的管理制度，确保了核电站钥匙借用的合法性，提高了核电站钥匙管理的安全性和效率。